En 1975 ante el dolor que se vivía en las calles chilenas, el jesuita José Aldunate empezó a escribir en una revista clandestina que denominó “No Podemos Callar”. En esta publicación entregó sus opiniones, compartía noticias que le dictadura silenciaba. En los años ochenta siguió publicando en una nueva revista “Policarpo”, sus reflexiones sobre lo que veía, escuchaba de la gente que lo rodeaba, se daba a conocer lo que los organismos de derechos humanos denunciaban. Pero ante la tortura, ante la represión de la dictadura el cura José Aldunate dio el paso de la reflexión a la acción, por lo que salió a las calles, de una manera pacífica, por lo que el académico, el cura obrero, junto a otras personas denunció en forma pública a la dictadura en el “Movimiento contra la Tortura Sebastián Acevedo”. Por lo que una vez más ante la represión, ante las violaciones a los derechos humanos de la dictadura, ante esos hechos el cura Aldunate dijo: “No podemos callar”.

Don José Aldunate propuso para la sociedad chilena un proceso de justicia y reconciliación basado en la interpelación del malhechor, haciéndole ver su crimen, buscando que pudiera reconocerlo, arrepentirse, reparar a las víctimas y así recibir el perdón de Dios.

El reconocimiento del crimen es “lo que nos está faltando”, decía en ese momento. Proponía que “nuestra iglesia” desarrolle “una doctrina teológica y moral consistente sobre la justicia, el perdón y la reconciliación, que destaque la necesidad absoluta del reconocimiento de la verdad y el arrepentimiento y reparación de parte de los responsables”. Su propuesta fue muy relevante para desalentar las propuestas de reconciliación basadas en un “borrón y cuenta nueva” que hacía desaparecer no solamente los crímenes sino también a las víctimas. Su reclamo contra la impunidad se hacía precisamente poniendo en el centro del proceso de reconciliación el reconocimiento del crimen por parte de los responsables y la reparación de las víctimas.

Don Pepe perteneció al grupo Equipo Misión Obrera (EMO) de sacerdotes obreros y participó activamente en el movimiento de la Teología de la Liberación. Fue parte de la Iglesia latinoamericana que acogió el Concilio Vaticano II en clave de “opción de Dios por los pobres”. Esta Iglesia reconoció en los pobres y perseguidos un protagonismo que no habían tenido. Puso la Biblia en las manos del pueblo. Gente que apenas sabía leer y escribir, con la Palabra en sus manos, supo que era digna, que Dios deplora la opresión y que sostiene la lucha por la justicia.
Don Pepe fue un intelectual popular. Leyó a los autores sancionados por la Congregación para la Doctrina de la Fe; pasó horas conversando de Dios con personas humildes, con obreros y religiosas comprometidas; maduró sus opiniones y las puso por escrito. Nos enseñó a descubrir a Cristo crucificado en la dignidad trascendente de cualquier ser humano.