Don Pepe perteneció al grupo Equipo Misión Obrera (EMO) de sacerdotes obreros y participó activamente en el movimiento de la Teología de la Liberación. Fue parte de la Iglesia latinoamericana que acogió el Concilio Vaticano II en clave de “opción de Dios por los pobres”. Esta Iglesia reconoció en los pobres y perseguidos un protagonismo que no habían tenido. Puso la Biblia en las manos del pueblo. Gente que apenas sabía leer y escribir, con la Palabra en sus manos, supo que era digna, que Dios deplora la opresión y que sostiene la lucha por la justicia.
Don Pepe fue un intelectual popular. Leyó a los autores sancionados por la Congregación para la Doctrina de la Fe; pasó horas conversando de Dios con personas humildes, con obreros y religiosas comprometidas; maduró sus opiniones y las puso por escrito. Nos enseñó a descubrir a Cristo crucificado en la dignidad trascendente de cualquier ser humano.